U
    ½mœdW  ã                   @   s  d dl Zd dlZd dlmZ d dlZd dlmZ d dlm	Z	 d dl
mZmZ d dlmZ d dlmZ d dlmZ d d	lmZ d d
lmZ d dlmZ d dlmZ d dlmZ d dlmZ ej d ¡ZdZddgde  ed¡  Z!ddgde  ed¡  Z"ddgde  ed¡  Z#ddgde  ed¡  Z$ddgde  ed¡  Z%ddgde  ed¡  Z&e 'e!e"e#e$e%e&f¡Z(ej) *dddd d!d"dgdgddd d!d#d"dgd gddd d!d"dej+gdgddd d!d"dej+gdgg¡d$d%„ ƒZ,ej) *dddd&d'dd(d(ej+gdgddd&d'd)dd(d(ej+g	d gddd&dej+gd gddd&ej+gdgg¡d*d+„ ƒZ-ej) *d,d dddgd dgddggd d ddggd dddgd dgddggd d ddggd dddgd dgddgd dggd d ddggdddd gd dgddgd dggdd dd ggg¡d-d.„ ƒZ.d/d0„ Z/d1d2„ Z0ej) *d3d4d5gd6d7gg¡d8d9„ ƒZ1d:d;„ Z2d<d=„ Z3d>d?„ Z4d@dA„ Z5dBdC„ Z6dDdE„ Z7dFdG„ Z8ej) *dHdddIg¡ej) *dJdddKg¡ej) *d3d4d5gd6d5gd6d7gg¡dLdM„ ƒƒƒZ9dNdO„ Z:ej) *dPe;de(j<d  d dQƒ¡dRdS„ ƒZ=dTdU„ Z>dVdW„ Z?dXdY„ Z@dZd[„ ZAej) *d\d5d7g¡d]d^„ ƒZBdS )_é    N)Úsparse)Ú
make_blobs)ÚOPTICS)Ú_extend_regionÚ_extract_xi_labels)ÚDataConversionWarning)Úcontingency_matrix)Úpairwise_distances)ÚDBSCAN)Úshuffle)Úassert_array_equal)Úassert_allclose)ÚEfficiencyWarning)Úgenerate_clustered_dataé
   éûÿÿÿéþÿÿÿçš™™™™™é?é   é   éÿÿÿÿçš™™™™™¹?é   çš™™™™™É?é   ç333333Ó?gš™™™™™ù?é   é   )Úr_plotÚendgÍÌÌÌÌÌ!@gš™™™™™!@gffffff!@é   g333333!@c                 C   sP   t  | ¡} | d d… | dd …  }|dk}|dk }t||ddƒ}||ksLt‚d S )Nr   r   grÇqÇñ?r   r   ©ÚnpÚarrayr   ÚAssertionError)r   r   ÚratioZsteep_downwardZupwardÚe© r'   úZ/home/sam/Atlas/atlas_env/lib/python3.8/site-packages/sklearn/cluster/tests/test_optics.pyÚtest_extend_downward"   s    

r)   gÍÌÌÌÌÌ @gš™™™™™@é   gffffff@c                 C   sP   t  | ¡} | d d… | dd …  }|dk}|dk}t||ddƒ}||ksLt‚d S )Nr   r   gÍÌÌÌÌÌì?r   r   r!   )r   r   r%   Zsteep_upwardZdownwardr&   r'   r'   r(   Útest_extend_upward5   s    

r+   )ÚorderingÚclustersÚexpectedc                 C   s   t | |ƒ}t||ƒ d S )N)r   r   )r,   r-   r.   Úlabelsr'   r'   r(   Útest_the_extract_xi_labelsH   s    

r0   c                 C   sÖ  t j d¡}d}ddgd| |d¡  }ddgd	| |d¡  }d
dgd| |d¡  }ddgd| |d¡  }ddgd| |d¡  }ddgd| |d¡  }t  |||||t  ddgg¡|f¡j| dd�}	t jdgd dgd d
gd dgd d
gd ddgd f }
t|	|
|d�\}	}
t	dddddd� 
|	¡}t|j|
ƒ t	d	ddddd� 
|	¡}t|j|
ƒ t  |||||t  ddggd ¡|f¡j| dd�}	t jd
gd dgd dgd dgd dgd dddgd f }
t|	|
|d�\}	}
t	dddddd� 
|	¡}t|j|
ƒ ddgdd	gddgd	dgg}ddgddgddgddgg}ddgddgddgddgg}t  |||f¡j| dd�}	t jdgd d
gd dgd f }
t|	|
|d�\}	}
t	ddt jddd� 
|	¡}t|j|
ƒ d S ) Nr   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   g333333ã?r   éd   F©Úcopy©Úrandom_stateé   Úxiçš™™™™™Ù?)Úmin_samplesÚmin_cluster_sizeÚmax_epsÚcluster_methodr7   g{®Gáz´?çš™™™™™¹¿r   é	   é   éZ   én   ç{®Gáz¤?)r"   ÚrandomÚRandomStateÚrandnÚvstackr#   ÚastypeÚr_r   r   Úfitr   Úlabels_Úinf)Úglobal_dtypeÚrngÚn_points_per_clusterÚC1ÚC2ÚC3ÚC4ÚC5ÚC6ÚXÚexpected_labelsÚclustr'   r'   r(   Útest_extract_xiW   sˆ    $ ÿ<    ÿþ    ÿþ( ÿ6ÿ    ÿþ"    ÿþrX   c                 C   sÈ   t j d¡}d}ddgd| |d¡j| dd�  }ddgd| |d¡j| dd�  }t  ||f¡}t|dd�}tdd	d
� |¡j	}|j
dks�t‚t  |t  ddgddgg¡ ¡}|t|ƒ dk sÄt‚d S )Nr   r1   r   Fr2   é2   r4   r6   r   )r9   r7   )r   r   éc   éÇ   çš™™™™™©?)r"   rC   rD   rE   rG   rF   r   r   rI   Zcluster_hierarchy_Úshaper$   Úsumr#   Úlen)rL   rM   rN   rO   rP   rU   r-   Údiffr'   r'   r(   Útest_cluster_hierarchy_�   s      ÿ
 ÿ
 ra   zmetric, is_sparseÚ	minkowskiFÚ	euclideanTc                 C   s"  d}t |d�}tddd| d�}| |r0t |¡n|¡ tt|jƒƒtd|jkƒ }||ks^t	‚|jj
t|ƒfkstt	‚|jjjdks†t	‚|jj
t|ƒfksœt	‚|jjjd	ks®t	‚|jj
t|ƒfksÄt	‚|jjjd	ksÖt	‚|jj
t|ƒfksìt	‚|jjjdksþt	‚t|jƒttt|ƒƒƒk�st	‚d S )
Nr   )Ú
n_clustersg      >@r   r   )r;   r9   r7   Úmetricr   ÚiÚf)r   r   rI   r   Ú
csr_matrixr_   ÚsetrJ   Úintr$   r]   ÚdtypeÚkindÚreachability_Úcore_distances_Ú	ordering_Úrange)re   Ú	is_sparserd   rU   rW   Zn_clusters_1r'   r'   r(   Útest_correct_number_of_clusters¢   s    
rr   c               	   C   sD   d} ddgg}t dddd�}tjt| d�� | |¡ W 5 Q R X d S )Nz#min_samples must be no greater thanr   g      ø?r   )r;   r9   r:   ©Úmatch)r   ÚpytestÚraisesÚ
ValueErrorrI   )ÚmsgrU   rW   r'   r'   r(   Ú#test_minimum_number_of_sample_checkÂ   s
    
ry   c               	   C   sf   d} ddgddgddgg}t d|ddd�\}}tdd	d
dd�}tjt| d�� | |¡ W 5 Q R X d S )Nz.Specify an epsilon smaller than 0.15. Got 0.3.r   r   éî  r8   r   ©Z	n_samplesÚcentersZcluster_stdr5   g333333Ã?Údbscanr   r   ©r;   r<   Úepsr9   rs   )r   r   ru   rv   rw   rI   ©rx   r|   rU   Úlabels_truerW   r'   r'   r(   Útest_bad_extractÏ   s       ÿ
r‚   c               	   C   sd   d} ddgddgddgg}t d|ddd�\}}tjt| d�� td	d
d	d�}| |¡ W 5 Q R X d S )Nz6All reachability values are inf. Set a larger max_eps.r   r   rz   r8   r   r{   rs   g¸…ëQ¸Ž?r   )r;   r9   r   )r   ru   ÚwarnsÚUserWarningr   rI   r€   r'   r'   r(   Útest_bad_reachabilityÝ   s       ÿ
r…   c               	   C   sJ   d} t jjddtd�}t ¡ �" t dt¡ t| d� 	|¡ W 5 Q R X d S )NÚrogerstanimotor   ©r   r   ©Úsizerk   Úerror©re   )
r"   rC   ÚrandintÚboolÚwarningsÚcatch_warningsÚsimplefilterr   r   rI   )Úpairwise_metricrU   r'   r'   r(   Ú$test_nowarn_if_metric_bool_data_boolé   s
    
r’   c               	   C   s`   d} t jjddt jd�}d| › �}tjt|d��&}t| d� |¡ t	|ƒdksRt
‚W 5 Q R X d S )	Nr†   r   r‡   rˆ   z-Data will be converted to boolean for metric rs   r‹   r   )r"   rC   rŒ   Úint32ru   rƒ   r   r   rI   r_   r$   )r‘   rU   rx   Zwarn_recordr'   r'   r(   Ú%test_warn_if_metric_bool_data_no_bool÷   s    
r”   c               	   C   sn   d} t jjddtd�}t jjddt jd�}t ¡ �2 t dt¡ t	| d� 
|¡ t	| d� 
|¡ W 5 Q R X d S )Nrb   r   r‡   rˆ   rŠ   r‹   )r"   rC   rŒ   r�   r“   rŽ   r�   r�   r   r   rI   )r‘   ZX_boolZX_numr'   r'   r(   Útest_nowarn_if_metric_no_bool  s    
r•   c                  C   sV   ddgddgddgg} t d| ddd�\}}tddd	d
d� |¡}t|jƒdksRt‚d S )Nr   r   rz   r8   r   r{   g      ð?r}   r   r   r~   r   )r   r   rI   ÚmaxrJ   r$   )r|   rU   r�   rW   r'   r'   r(   Útest_close_extract  s       ÿ
r—   r   ç      à?r9   r6   c                 C   sâ   ddgddgddgg}t d|ddd�\}}|r8t |¡n|}|j|dd�}t|d	| |d
� |¡}t| |d� |¡}	t|	j|jƒ}
t	t
 t
j|
dd�¡t
 t
j|
dd�¡ƒ}|jd | }t
 |d |jd  d¡}|dksÞt‚d S )Nr   r   rz   r8   r   r{   Fr2   r}   )r9   r<   r   re   )r   r9   )Zaxisr   r\   )r   r   rh   rG   r   rI   r
   r   rJ   Úminr"   r^   r–   r]   Úroundr$   )r   r9   re   rq   rL   r|   rU   r�   ÚopÚdbZcontingencyZagreeZdisagreeZpercent_mismatchr'   r'   r(   Útest_dbscan_optics_parity$  s4    	   ÿ
   ÿþ ÿr�   c              	   C   s4  ddgddgddgg}ddgddgddgg}ddgddgdd	gg}t  |||f¡j| d
d�}t jdgd dgd dgd f }tddddd� |¡}t|j|ƒ t jdgd dgd dgd f }tddddd� |¡}t|j|ƒ t jdgd  }tj	t
dd��( tddddd� |¡}t|j|ƒ W 5 Q R X d S )Nr   r   r=   r   r>   r?   r1   é`   éj   Fr2   r   r   r   r    r7   rB   )r9   r;   r<   r7   r   zAll reachability valuesrs   r   )r"   rF   rG   rH   r   rI   r   rJ   ru   rƒ   r„   )rL   rO   rP   rQ   rU   rV   rW   r'   r'   r(   Útest_min_samples_edge_caseI  s    ""r    r:   é   c                 C   sˆ   t d d d… j|dd�}td| d� |¡}t |j|jdk ¡}|jrVt|ƒ| ksVt	‚td| |j
d  d�}| |¡ t|j|jƒ d S )Nr   Fr2   r>   )r9   r:   r   r   )rU   rG   r   rI   r"   ZbincountrJ   r‰   r™   r$   r]   r   )r:   rL   ÚredXrW   Zcluster_sizesZ
clust_fracr'   r'   r(   Útest_min_cluster_size^  s    þ
r£   c               	   C   sx   t ttƒd d�} tjtdd�� |  t¡ W 5 Q R X t ttƒd dd�} tjtdd�� |  t t¡¡ W 5 Q R X d S )Nr   )r:   zmust be no greater than the rs   rc   )r:   re   )	r   r_   rU   ru   rv   rw   rI   r   rh   )rW   r'   r'   r(   Útest_min_cluster_size_invalid2n  s    r¤   c                  C   sl   dgdgdgdgg} t ddd� | ¡}t|jtjdddgƒ t|jddtjtjgƒ t|jddd	dgƒ d S )
Nr   r   iöÿÿÿé   r   é   ©r9   r;   r   r   )r   rI   r   rm   r"   rK   rn   ro   )ÚYrW   r'   r'   r(   Útest_processing_orderx  s
    r©   c            
   <   C   s2  t jdddddddddddd	d	d
d
d
d	d	dddddddddddddddddddddddddddd dd!d"d#d$d%d%d%d%d&d&d&d'g<} d(d)d*d+d,d-d.d/d0d1d2d3d4d5d6d7d8d9d:d;d<d=d>d?d@dAdBdCdDdEdFdGdHdIdJdKdLdMdNdOdPdQdRdSdTdUdVdWdXdYdZd[d\d]d^d_d`dadbdcg<}ddd(d)d*d*d*d-d)d,d0d1d2d3d3d5d5d5d4d4d:d;d<d=d>d?d@dAdAd@d@d@d=dGdHdIdJdKdKdMdMdKdLdOdKdJdTdQdHdSdVdXdZd[d[d[d[d_d_d_dbg<}td0de� t¡}t|jt  |¡ƒ t|j|j t  |¡ƒ t	|j
|j t  | ¡ƒ |jd1d … D ]&}|j
| |j|j|  k�sÖt‚�qÖt jt jt jt jt jt jt jt jt jt jt jdddddddddddft jdgdddddhdddt jd	d	d
d
d
d	d	ddit jt jt jt jt jt jt jt jt jt jt jt jt jt jt jt jt jt jg<}d(d1d.d)d+d0d*d,d-d/dJdKdLdMdNdOdPdQdRdSdTdIdFd@dAd>dBdCd?dDdEd=d3d4d5d6d7d8d9d:d;d2dGdYdXdVd<dHdWdUdcd\d]dZd`dad^d[dbd_g<}dddddddddddddddddddddddJdKdKdMdMdKdLdOdKdJdTdddFd@dAdAdAdAd@d@d>ddd3d3d5d5d5d4d4d:d7ddddddddddddddddddddddddddddddddddddg<}td0djdk� t¡}t|jt  |¡ƒ t|j|j t  |¡ƒ t	|j
|j t  |¡ƒ t  |jdjk¡d( }	t	|j|	 |j|	 ƒ d S )lNgÕÓ@zëð?g­¯N	Hè?gÞ‡~NTç?gšu™õå?gæµ”åE²í?g#íšrýËò?gÜž™„2¯
@g`ÒzÁß?gP{¾
„VÐ?gØ:×“ÚíÏ?g}~ aÁÓ?gÊ$Ôáï¦@gÐ°{änøù?göŒ Ý?g€ŒuûºLÐ?gÀ»*æëÙÌ?g$¼ý&È?gÛÐ{æ˜PÇ?gÔê¦x²¬Ì?g\xð·*xò?gù~)ÔN{õ?göÞe’E,õ?go°¸F‹ë?g–Ç>E”kÑ?gPñÖRùÀ?g�ŒBåQ¹?g‚÷òªWÁ?gÃ@¸‹*Ä?g´r©2\kÆ?gúØhGÆ?g[Øœ]N†ã?g!ì´Lõ?gª´ƒá@g¿wÏc?�@g;¹Ã©fh@gK�!Q¡œ@gó,@ùM@gÄåZôvÄ@gr/É%ñA@r   r   r   r   r    r*   r   r>   r   r   é   é   é    é"   é!   é&   é'   é#   é%   é$   é,   é   r¡   é   é   r¥   é   é   é   é   r6   é(   é-   é.   r   r¦   r?   é   é   é   é   é   é   é   é/   é1   é+   é0   é*   é)   é5   é9   é3   é4   é8   é;   é6   é7   é:   rY   r   )r9   gÄ9'Ê%Šß?g�ÉÎ–FÑ?gx»ôåÕôÇ?gÑ*üùÖ?r˜   r§   )r"   rK   r   rI   rU   r   ro   r#   Zpredecessor_r   rm   rn   r$   Úwhere)
Úr1Zo1Úp1Úclust1rf   Úr2Úo2Úp2Úclust2Úindexr'   r'   r(   Útest_compare_to_ELKIƒ  sô   Ä?Ä?ÄB$Ä?Ä?Ä>rÞ   c           	      C   sÂ   t j d¡}d}ddgd| |d¡  }ddgd| |d¡  }d	dgd| |d¡  }dd
gd| |d¡  }t  ||||f¡j| dd�}tddd� |¡}tt  	t  
|j¡¡dd	dd
gƒ d S )Nr   r6   r   r   r   r   r   r   r   r   Fr2   r}   r˜   )r<   r   )r"   rC   rD   rE   rF   rG   r   rI   r   ÚsortÚuniquerJ   )	rL   rM   rN   rO   rP   rQ   rR   rU   rW   r'   r'   r(   Útest_extract_dbscan  s    rá   rq   c              	   C   sž   t d d d… j|dd�}t|dd�}| r2t |¡n|}t ¡ �& t dt¡ t	ddd	d
� 
|¡}W 5 Q R X t	dddd
� 
|¡}t|j|jƒ t|j|jƒ d S )Nr   Fr2   rc   r‹   Úignorer   ZbruteZprecomputed)r9   Ú	algorithmre   )rU   rG   r	   r   rh   rŽ   r�   r�   r   r   rI   r   rm   r   rJ   )rq   rL   r¢   ÚdistsrØ   rÜ   r'   r'   r(   Útest_precomputed_dists$  s    
ÿrå   )CÚnumpyr"   ru   Zscipyr   rŽ   Zsklearn.datasetsr   Zsklearn.clusterr   Zsklearn.cluster._opticsr   r   Zsklearn.exceptionsr   Zsklearn.metrics.clusterr   Zsklearn.metrics.pairwiser	   r
   Zsklearn.utilsr   Zsklearn.utils._testingr   r   r   Zsklearn.cluster.tests.commonr   rC   rD   rM   rN   rE   rO   rP   rQ   rR   rS   rT   rF   rU   ÚmarkZparametrizerK   r)   r+   r0   rX   ra   rr   ry   r‚   r…   r’   r”   r•   r—   r�   r    rp   r]   r£   r¤   r©   rÞ   rá   rå   r'   r'   r'   r(   Ú<module>   s¨   üþ	

üþ	

$$**üþ	
9þ
þ

   